えどがわだい BioImaging: 大宮分室2

ada; video benchmark

adaのビデオまわりのベンチマークをとった．

AMD Athlon(tm) 64 Processor 3500+ (2.2GHz)
nVidia GeForce 6800GT 256MB AGP

XFree86: 4.3.0.1
(II) NVIDIA X Driver 1.0-7174 Tue Mar 22 06:48:37 PST 2005

glxinfo: server glx vendor string: NVIDIA Corporation
server glx version string: 1.3

1280*1024 depth=24

glxgears: 63393 frames in 5.0 seconds = 12678.600 FPS
xengine: 216275.0 rpm

x11perf -repeat 1 -rect500 -f14text16 -copypixwin500 -putimage500 -shmput500:
x11perf - X11 performance program, version 1.5
The XFree86 Project, Inc server version 40300001 on :0.0
from ada
Wed Dec 28 16:00:37 2005
Sync time adjustment is 0.0157 msecs.
200000 reps @ 0.0451 msec ( 22200.0/sec): 500x500 rectangle
80000000 reps @ 0.0001 msec (9900000.0/sec): Char16 in 40-char line (k14)
80000 reps @ 0.0815 msec ( 12300.0/sec): Copy 500x500 from pixmap to window
1600 reps @ 3.8155 msec ( 262.0/sec): PutImage 500x500 square
3600 reps @ 1.4385 msec ( 695.0/sec): ShmPutImage 500x500 square

Xでvesaドライバを使った場合は以下のようにかなり遅い．

xengine: 5361.0rpm

x11perf - X11 performance program, version 1.5
The XFree86 Project, Inc server version 40300001 on :0.0
from ada
Wed Dec 28 16:19:47 2005
Sync time adjustment is 0.0132 msecs.
4000 reps @ 1.3066 msec ( 765.0/sec): 500x500 rectangle
2800000 reps @ 0.0019 msec (527000.0/sec): Char16 in 40-char line (k14)
3600 reps @ 1.7051 msec ( 586.0/sec): Copy 500x500 from pixmap to window
320 reps @ 16.8533 msec ( 59.3/sec): PutImage 500x500 square
3600 reps @ 1.4661 msec ( 682.0/sec): ShmPutImage 500x500 square

nvidiaドライバからvesaドライバに変更して使っていると，すぐに気持ちが悪くなるほどである．数時間も使えば慣れてくるが…．つまり描画速度が主観に及ぼす影響は著しい一方，順応も速い．

ada; firefox; tabextension

firefoxでマウスの中ボタンが使えなくなった件は，右ボタンメニュー経由でも，リンクの新規タブでのopenに失敗することから，タブ拡張がおかしくなったためとわかった．単なる勘でmozilla-tabextensionsパッケージをpurgeすると，とりあえず治った．

debian sarge: XFree86

adaにてXFree86 4.3.0.1でnvidiaドライバが使えなくなったのは，nvidiaのX用ドライバ usr/X11R6/lib/modules/drivers/nvidia_drv.o と カーネルモジュール /lib/modules/2.4.27/nvidia/nvidia.o のバージョン不整合が原因だった．

4月頃，ada用カーネル構築にあわせてnvidiaモジュールも構築・導入していたのだが，X用nvidiaドライバの更新にあわせて，同モジュールについてもソースのバージョンを上げて再導入する必要があった．

nvidia-kernel-source パッケージを最新にして，得られた /usr/src/nvidia-kernel-source.tar.gz を ~/opt/linux/kernel/modules/nvidia-kernel/... へと展開し，

setenv KSRC ~/opt/linux/kernel/kernel-source-2.4.27
setenv KVERS 2.4.27

としてから ~/opt/linux/kernel/modules/nvidia-kernel にて

sudo debian/rules binary_modules

によってコンパイルおよびバイナリパッケージ nvidia-kernel-2.4.27_1.0.7174-3_i386.deb を作成し，導入．ということで解決した．また，ついでに

Option "NoLogo" "true"
Option "RenderAccel" "true"

をつけた．

kymography, frequency, correlation

Granqvist01 J Acoust Soc Am 110: 3193-3197; 声帯動画の輝度変化のフーリエ解析
Deliyski03 Proc 6th Int Conf: Adv Quantitative Laryngology, Voice and Speech Research; 同上
Miyamoto04 J Cell Biol 167: 813-818; 紡錘体FSM動画のkymographと時間相関

WANT; Westerweel J (1997) Fundamentals of digital particle image velocimetry. Meas Sci Technol 8:1379–1392; PIV review?
WANT; de SobralCintra RJ et al. (2004) Wavelet analysis in a canine model of gastric electrical uncoupling Physiol Meas 25: 1355-1369; 胃の動画のwavelet解析

アナログRGBの動画ファイル化

XGA(1024*768)までのアナログRGB入力をWMVファイル等にしたい．
アナログRGB信号をA/D変換するPCIカード 候補 (価格はぷらっとほーむの表示)
* Osprey-210 50k
* Osprey-230 75k
* Osprey-440 145k
* Osprey-560 525k
どれも画素数と出力ファイル形式までは未確認．代理店?のNetwell社に日本語で情報がある(ビデオキャプチャーカード Ospreyシリーズ)．

もしくはアナログRGBをDVコンバータにてA/D変換後，IEEE1394を介してPCへ．
例えばカノープス TwinPact100 というのがある．60k

debian sarge; XFree86

adaに入っているdebian sargeについて，数ヶ月ぶりにパッケージのバージョンを上げたら，nvidia driverでのX起動に失敗するようになった．
/etc/X11/XF86Config-4の
Section "Device"
Identifier "Generic Video Card"
VendorName "nvidia"
#Driver "nvidia"
Driver "vesa"
BusID "PCI:1:0:0"
EndSection
でとりあえずしのぐ．ktermのスクロールが遅い…．
/usr/X11R6/lib/modules/drivers/nvidia_drv.o
が問題?
1年以上前にこのあたりをいじったきりなので，何も覚えてない．

それとfirefoxでマウスの中央ボタンが効かなくなった．
XFree86 Version 4.3.0.1 (Debian 4.3.0.dfsg.1-14sarge1 20050901212727 fjp@localhost.localdomain)

?
Option "NoLogo" "true"
Option "RenderAccel" "true"