細胞骨格のシミュレーション
なんとかD論を提出した.ここのところ寝不足で,今も30時間くらい連続稼動している.

ひさしぶりに研究室に泊まり,明け方はO君と細胞骨格のシミュレーションについて話す.細胞骨格の分布特性の定量化とか,ユーザが与えた分布特性をもたらすパラメタの導出法,ファイルなどに書き出すべき計算結果はどういったものか,など.分布特性の定量化はシミュレーションではなく実際の蛍光顕微鏡像としての細胞骨格に対しても適用できるようなものがよいと考えた.例えば粗い空間格子で疎視化して,各格子の細胞骨格密度を値とした画像を書き出すなど.計算結果を顕微鏡画像を模倣したものとして扱えば,その空間自己相関関数の形を何らかのモデルにあてはめたり,ヒストグラムを作ったりできる.
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# by edogawadai_bio | 2006-01-10 22:18 | img
本屋
大宮ジュンク堂へ行く.氷川神社の初詣客のため,大宮公園駅周辺は渋滞し,大宮駅東口は人でごった返していた.

星仰 (2003) リモートセンシングの画像処理, 森北出版, ISBN4-627-84421-2
Raffel M, Willert CE, Kompenhans J 著; 小林敏雄 監修; 岡本孝司, 川橋正昭, 西尾茂 訳 (2000) PIVの基礎と応用 -粒子画像流速測定法-, シュプリンガー・フェアラーク東京, ISBN4-431-70888-X; 原題 "Particle Image Velocimetry"
新島耕一 (2000) ウェーブレット画像解析, 科学技術出版, ISBN4-87653-030-0; なぜか目次に頁番号がふってない…

「リモートセンシングの画像処理」は航空写真や衛星写真を題材にしているが自然画像全般について実践的立場から概観したものとして読めそう.ただし説明が不足しているところをちらほらみかける.色空間,マルチスペクトル画像,ステレオマッチ ング,幾何補正については比較的詳しそう.

そういえば生物学分野へのデジタル画像処理の利用例として初めて目にしたのは,卒業研究のとき連れていってもらった生態学会@熊本で見たリモートセンシングによる植生分析についての発表(ポスターがいくつか出ていた)だったかもしれない.

音声や振動の本を立ち読みし,これらの解析法はkymographはじめ動画像解析に際して参考になりそうだと考えた.いずれも時変信号である上,普通のデジタル信号処理と比べて分析的な立場が強いことによるのだろう.画像と同じく音声もネット上でバラエティに富むデータが入手可能なこともあり,音声処理もやってみたい.

画像のpower spectrumをWiener spectrumと呼ぶらしいことを知った.Wiener-Khintchinの定理で自己相関とpower spectrumの関係が示されるからだろうか? 光学関係だとWiener spectrumという語がしばしば使われるようだが,厳密な使い分け方はわからなかった.両者は同じと書いてる人もいた.ついでにWiener attackなる語があることも知った.RSA暗号の解読やwater markに関連して登場するが,どうやらこれもNorbert Wienerの名に由来するらしい.Wiener filter, - process, - equation, - integral, - measure, - crater, - prize, - awardなどもあり,文系コーナーにもCybernetics関係の著作がおかれるなど,幅広く名前が残る人である.
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# by edogawadai_bio | 2006-01-03 18:08 | img
ada; video benchmark
adaのビデオまわりのベンチマークをとった.

AMD Athlon(tm) 64 Processor 3500+ (2.2GHz)
nVidia GeForce 6800GT 256MB AGP

XFree86: 4.3.0.1
(II) NVIDIA X Driver 1.0-7174 Tue Mar 22 06:48:37 PST 2005

glxinfo: server glx vendor string: NVIDIA Corporation
server glx version string: 1.3

1280*1024 depth=24

glxgears: 63393 frames in 5.0 seconds = 12678.600 FPS
xengine: 216275.0 rpm

x11perf -repeat 1 -rect500 -f14text16 -copypixwin500 -putimage500 -shmput500:
x11perf - X11 performance program, version 1.5
The XFree86 Project, Inc server version 40300001 on :0.0
from ada
Wed Dec 28 16:00:37 2005
Sync time adjustment is 0.0157 msecs.
200000 reps @ 0.0451 msec ( 22200.0/sec): 500x500 rectangle
80000000 reps @ 0.0001 msec (9900000.0/sec): Char16 in 40-char line (k14)
80000 reps @ 0.0815 msec ( 12300.0/sec): Copy 500x500 from pixmap to window
1600 reps @ 3.8155 msec ( 262.0/sec): PutImage 500x500 square
3600 reps @ 1.4385 msec ( 695.0/sec): ShmPutImage 500x500 square

Xでvesaドライバを使った場合は以下のようにかなり遅い.

xengine: 5361.0rpm

x11perf - X11 performance program, version 1.5
The XFree86 Project, Inc server version 40300001 on :0.0
from ada
Wed Dec 28 16:19:47 2005
Sync time adjustment is 0.0132 msecs.
4000 reps @ 1.3066 msec ( 765.0/sec): 500x500 rectangle
2800000 reps @ 0.0019 msec (527000.0/sec): Char16 in 40-char line (k14)
3600 reps @ 1.7051 msec ( 586.0/sec): Copy 500x500 from pixmap to window
320 reps @ 16.8533 msec ( 59.3/sec): PutImage 500x500 square
3600 reps @ 1.4661 msec ( 682.0/sec): ShmPutImage 500x500 square

nvidiaドライバからvesaドライバに変更して使っていると,すぐに気持ちが悪くなるほどである.数時間も使えば慣れてくるが….つまり描画速度が主観に及ぼす影響は著しい一方,順応も速い.
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# by edogawadai_bio | 2005-12-28 16:31 | comp
ada; firefox; tabextension
firefoxでマウスの中ボタンが使えなくなった件は,右ボタンメニュー経由でも,リンクの新規タブでのopenに失敗することから,タブ拡張がおかしくなったためとわかった.単なる勘でmozilla-tabextensionsパッケージをpurgeすると,とりあえず治った.
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# by edogawadai_bio | 2005-12-28 16:29 | comp
debian sarge: XFree86
adaにてXFree86 4.3.0.1でnvidiaドライバが使えなくなったのは,nvidiaのX用ドライバ usr/X11R6/lib/modules/drivers/nvidia_drv.o と カーネルモジュール /lib/modules/2.4.27/nvidia/nvidia.o のバージョン不整合が原因だった.

4月頃,ada用カーネル構築にあわせてnvidiaモジュールも構築・導入していたのだが,X用nvidiaドライバの更新にあわせて,同モジュールについてもソースのバージョンを上げて再導入する必要があった.

nvidia-kernel-source パッケージを最新にして,得られた /usr/src/nvidia-kernel-source.tar.gz を ~/opt/linux/kernel/modules/nvidia-kernel/... へと展開し,

setenv KSRC ~/opt/linux/kernel/kernel-source-2.4.27
setenv KVERS 2.4.27

としてから ~/opt/linux/kernel/modules/nvidia-kernel にて

sudo debian/rules binary_modules

によってコンパイルおよびバイナリパッケージ nvidia-kernel-2.4.27_1.0.7174-3_i386.deb を作成し,導入.ということで解決した.また,ついでに

Option "NoLogo" "true"
Option "RenderAccel" "true"

をつけた.
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# by edogawadai_bio | 2005-12-28 15:45 | comp
kymography, frequency, correlation
Granqvist01 J Acoust Soc Am 110: 3193-3197; 声帯動画の輝度変化のフーリエ解析
Deliyski03 Proc 6th Int Conf: Adv Quantitative Laryngology, Voice and Speech Research; 同上
Miyamoto04 J Cell Biol 167: 813-818; 紡錘体FSM動画のkymographと時間相関

WANT; Westerweel J (1997) Fundamentals of digital particle image velocimetry. Meas Sci Technol 8:1379–1392; PIV review?
WANT; de SobralCintra RJ et al. (2004) Wavelet analysis in a canine model of gastric electrical uncoupling Physiol Meas 25: 1355-1369; 胃の動画のwavelet解析
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# by edogawadai_bio | 2005-12-28 03:02 | img
アナログRGBの動画ファイル化
XGA(1024*768)までのアナログRGB入力をWMVファイル等にしたい.
アナログRGB信号をA/D変換するPCIカード 候補 (価格はぷらっとほーむの表示)
* Osprey-210 50k
* Osprey-230 75k
* Osprey-440 145k
* Osprey-560 525k
どれも画素数と出力ファイル形式までは未確認.代理店?のNetwell社に日本語で情報がある(ビデオキャプチャーカード Ospreyシリーズ).

もしくはアナログRGBをDVコンバータにてA/D変換後,IEEE1394を介してPCへ.
例えばカノープス TwinPact100 というのがある.60k
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# by edogawadai_bio | 2005-12-27 22:21 | img
debian sarge; XFree86
adaに入っているdebian sargeについて,数ヶ月ぶりにパッケージのバージョンを上げたら,nvidia driverでのX起動に失敗するようになった.
/etc/X11/XF86Config-4の
Section "Device"
Identifier "Generic Video Card"
VendorName "nvidia"
#Driver "nvidia"
Driver "vesa"
BusID "PCI:1:0:0"
EndSection
でとりあえずしのぐ.ktermのスクロールが遅い….
/usr/X11R6/lib/modules/drivers/nvidia_drv.o
が問題?
1年以上前にこのあたりをいじったきりなので,何も覚えてない.

それとfirefoxでマウスの中央ボタンが効かなくなった.
XFree86 Version 4.3.0.1 (Debian 4.3.0.dfsg.1-14sarge1 20050901212727 fjp@localhost.localdomain)

?
Option "NoLogo" "true"
Option "RenderAccel" "true"
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# by edogawadai_bio | 2005-12-27 18:37 | comp