"ウェーブレット入門 -数学的道具の物語-"
B.B.ハバード 訳:山田道夫,西野操 (2003) ウェーブレット入門 -数学的道具の物語-, 朝倉書店 (原題 Hubbard BB (1997) Ondes et Ondelettes, Pour la Science)

を読んだ.ウェーブレット関連の研究が時系列に沿って書いてあり,小説みたいで読みやすかった.
気に入った,あるいは興味深いと思った記述.

マラーが書いているように,画像解析には最適の解像度というものはない.(p.88)
ルマリエ-リュセットはこれらのスケーリング関数を「低周波数の奇跡」と呼んだ.(p.89)
しかし多くの興味ある信号(たとえば医学的解析の対象となるような信号)は滑らかではなく,ピークを持っている.このため,高周波数を切り捨てると,情報を捨ててしまうことになる.セントルイスのワシントン大学のヴィクター・ヴィッケルハウザーの言い方によれば,「雑草と一緒にマーガレットも刈り取ってしまう」のである.(p.136)
「信号についてアプリオリに何も仮定できなければ,何もせず寝る方がいいでしょう」とアレックス・グロスマンは冗談を言う.(p.137)
比喩に富んだメイエの言い方をもってすれば,「白色雑音は全く乱雑です.熱があるんです.どんな表現系でも熱を出すでしょう.」(p.140)
視覚「ウェーブレット」のもう一つの特徴は,反応する周波数帯-約1.5オクターブ-である.…「自然の画像には,限られた範囲の周波数と方向の構造しかありません.…自然の画像の周波数は1~2オクターブの範囲に入るのです」とフィールドは言う.(p.148)
誰でも肌理[きめ](texture?)の違いをやすやすと見分けられるが,「肌理[きめ]について20年研究しても,これが数学的には何なのか,相変わらずわからない」とマラーは指摘する.(p.184)
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# by edogawadai_bio | 2006-03-04 20:05 | img
curvelets
http://jstarck.free.fr/spie01_vhqr.pdf
Undecimated Wavelet Transform("undecimated"はピラミッド化せずマッチング追跡のように処理することだろうか?)によるノイズ抑制時にできるドット状のアーティファクトが,Curvelets Transformの場合には線状ないしシワ状に置き換わる.繊維状の模様については復元というより強調される.ぱっと見の主観ではcurveletsの方がきれいだが,アーティファクトがまぎらわしいので分析にはUWTの方がいいような気がする.

http://www-stat.stanford.edu/~jstarck/
各手法の画像を見比ることができて面白い.
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# by edogawadai_bio | 2006-03-03 10:57 | img
花粉症対策
去年に続き,抗ヒスタミン剤Alesion(epinastine HCl)と点鼻薬Flunase(fluticasone propionate)を使うようにする.花粉の量が少ないのだろう,去年の今頃よりずいぶん楽ではある.
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# by edogawadai_bio | 2006-03-01 23:56 | sanji
顕微鏡(7F CLSM)のスケール情報
倍率 F値 距離/画素(μm/pixel)
100 1/1 0.15385 (10.0/65)
100 1/1.5 0.10417 (10.0/96)
100 1/2 0.077529 (10.0/129)
100 1/3 0.052083 (10.0/192)
100 1/4 0.038911 (10.0/257)
100 1/6 0.026042 (10.0/384)
100 1/8 0.019493 (10.0/513)
60 1/1 0.25641 (10.0/39)
60 1/1.5 0.17241 (10.0/58)
60 1/2 0.12987 (10.0/77)
60 1/3 0.086207 (10.0/116)
60 1/4 0.064935 (10.0/154)
60 1/6 0.043290 (10.0/231)
60 1/8 0.032468 (10.0/308)

しかし血球計数板(1辺 250um)を実測すると数%違う.縦横でも異なるような….一つの実験では対照区も含めて撮影条件を統一して揃えるよう心がけ,異なる光学条件(顕微鏡やレンズ)での画像同士の定量的比較は慎重に行なうべきだろう.
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# by edogawadai_bio | 2006-02-28 01:00 | img
湯島
海の流れについて学ぶ.単位系が日常生活とは違うので戸惑ったりもするが,深層流のあたりは学部のときに海洋生物学の授業で聞いてたこともあってかイメージしやすかった.
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# by edogawadai_bio | 2006-02-26 23:18 | sanji
Cobalt
懐しい響きだ.むかしLinux雑誌等でよく目にしたような….1階で遊んでいる4つのCobaltを適当に運用することになる.DHCPサーバと内部用webサーバらしい.
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# by edogawadai_bio | 2006-02-25 22:37 | comp
駒場
ひさしぶりに駒場.1時間くらいD論の内容を話させてもらう.
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# by edogawadai_bio | 2006-02-24 23:02 | sanji
役立つかもしれないソフトウェア
geomview; Xで動く3-Dレンダラ
http://www.geomview.org/
TISEAN; 非線形時変信号解析ツール?
http://www.mpipks-dresden.mpg.de/%7Etisean/TISEAN_2.1/index.html
fastICA; 独立成分分析(ICA).MATLABだけでなく C++, R, Pythonから利用できるらしい.
http://www.cis.hut.fi/projects/ica/fastica/
EEGLAB; ICA.MATLAB向け
http://sccn.ucsd.edu/eeglab/
ICALAB; ICA.MATLAB向け
http://www.bsp.brain.riken.go.jp/ICALAB/
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# by edogawadai_bio | 2006-02-24 00:28 | img
研究室セミナー
D論以外についての研究発表を久々に行なう.XT撮影によるkymograph作成,膜や繊維の動きの周波数解析,画像相関法について.板書の代わりにペンタブレットを使ったところ,書きづらくてすぐにあきらめる羽目になった.試験的にグレイスケール画像を擬似色表示してみたが,とくに不満はでなかった.
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# by edogawadai_bio | 2006-02-23 22:04 | img
研究室セミナー準備
1. Linuxのディレクトリツリー内を散らばっている写真やデータをかき集める.
2. ImageJやgnuplotで解説用の中間段階画像やグラフを画面表示し,スクリーンごとキャプチャして画像ファイルにする.
3. ここでLinuxからWindowsXPへ起動しなおす.
4. Linux上で作り画像ファイル化したデータ類をexplore2fsなどでWindows側に持ってくる.
5. PowerPointファイルを作りだす.Linux側から持ってきた画像を切り貼りするのが基本.
7. データによってはExcelでグラフ化し,スクリーンキャプチャしてPhotoshopで切り出し,PowerPointに貼り付ける.
8. 発表タイトルを決める.
9. WordでA4,1枚のレジュメを作る.
10. 2,3時間寝てから学校へ.

当面の課題
PowerPoint以外のプレゼン方法,できればLinuxで済むものに移行したい.mgpを以前使ってたが,画像ファイルの貼りこみが多いプレゼンには向かなかった.OpenOfficeに入ってるやつはまだ試していない.gnome,KDEにもプレゼン用ソフトはありそう.
Excelでグラフを作ると見栄えを整えるのが面倒.gnuplotをより使いこなすか,さらに別のグラフ作成ソフトを導入すべき.Rが良さそうだがほとんど試してない.
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# by edogawadai_bio | 2006-02-22 23:02 | comp
ScanSnap S500
ScanSnap S500を試す.Normal(最速)モードの速さに驚く.このモードだとグレイスケール画像は2値化するようだ.写真が入ってる場合はモノクロ写真であってもカラーとしてスキャンさせるとよいかもしれない.

それと論文のコピーの多くは2頁/1枚のA3で,スキャン前にはコピー原稿を2つに切る必要がある.裁断機が欲しくなる.
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# by edogawadai_bio | 2006-02-21 17:19 | comp
駅伝
旧中仙道で駅伝を応援する.
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# by edogawadai_bio | 2006-02-19 17:17 | sanji
視聴覚関係
今週まわった3つの講堂とも,音声端子はITTcannonのXLRシリーズの3ピン.1番ピンがGNDで,残る2つのピンが正相(HOT)と逆相 (COLD)で平衡回路を構成する.HOTとCOLDのアサインは混乱してたが,1992年の規格は2番HOT.秋葉にフォーンプラグやRCA プラグへの変換ケーブルの類はあった.しかし悪影響なくミキサーからスピーカーへの回路に録音機材を挟み込むためにはアンプが要るような気がする.

ビデオカメラ(SONY HDR-HC1.CCDでなくCMOSだった)からの動画像のリアルタイムエンコードについて.「特殊D端子」からD1(640*480,インターレース)やD3 (1920*1080,インターレース)のアナログ・コンポーネント信号が得られる.ここからminiDin4ピンセパレート信号(S端子)もしくは RCA 1ピン*1本のコンポジット信号を介してアップコンバータ(UC-XP1)まで伝送する.D端子の時点でケーブル長を稼ぐのが妥当か? いずれの規格も5mのケーブルは販売されているが,それ以上は不明.

撮影の事後であれば,Adobe Premiere Pro 1.5 + HDV対応プラグイン(Premiere Pro 1.5.1アップデータ)でIEEE1394を介して動画像が取り込める.
http://support.d-imaging.sony.co.jp/www/handycam/products/hdr-hc1/hdvsoft_adobe.html
また,単に取り込むだけなら,SONYのDVGatePlus 2.1という安価なソフトウェアでも可能.
http://www.vaio.sony.co.jp/Products/Software_05q3/DVgate/index.html
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# by edogawadai_bio | 2006-02-18 00:07 | img
計算機将棋
計算機将棋の話し合いに参加した.

TCP/IPまわりのCソースがCygwinでそのまま動いた.
起動中にフリーズするLinuxマシンがカニのNICを抜くと治った.
同マシンはその後もspurious 8259A interrupt: IRQ? とカーネルが言うが,探ってもよくわからなかった.
O氏宅でFMV-KB312(数年前多量に出回った安くて打ちやすいキーボード)を発見した.
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# by edogawadai_bio | 2006-02-12 23:40 | comp
MP3プレイヤー
かっこいいけど売ってないな…
http://elm-chan.org/works/mp3/report.html
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# by edogawadai_bio | 2006-02-12 01:38 | niji
Let't note R4
松下のLet't note R4(多分 CF-R4GWKAXS)について一通りの初期設定とb-mobileおよびスキャナを使うための設定を行なう.自分が使うことはあまりなさそうなマシンだが,ついつい「きちんと」やろうとして時間がかかる.梱包から出したときはバッテリーがついてなかったこともあり,600g弱とかなり軽く,普段持ち歩いているT1から転向しそうになった.
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# by edogawadai_bio | 2006-02-10 23:53 | comp
アナログRGB
アナログRGB,D-sub15ピン,8 In 1 Outの切り替え器を講義室へ導入した.RGBケーブルはただでさえ太くて取り回しづらいが,さらにそれが8本ともなると… 学会等での会場係の苦労がしのばれる.そのうち十m以上もこいつを延ばさざるをえない機会がありそうだが,信号劣化が気にかかる.ネットで調べると「2m超えならBNCを勧める」「20m以上だと暗くなる」などとある.そういえば以前に継ぎ足して10m以上延ばしたら,あるノートPCでは正常にRGB出力がプロジェクタまで届くのに,他のノートPCでは駄目だったことがあった.

30~300mの範囲だと「RGBケーブル補償器」なるものが15万円程度であるようだ.
http://www.idk.co.jp/products/RGBcablecompensator/index.html

DVIケーブルについても,どれくらい延ばせるのかはよくわからなかった.とりあえずアナログRGBと同様,補償器は売られている.
http://www.excel-mechatronics.com/dviceq.html
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# by edogawadai_bio | 2006-02-09 22:22 | comp
蛍光色素とフィルタ
蛍光色素とフィルタの設定について便利そうなflashをみつけた.
http://www.mcb.arizona.edu/IPC/spectra_page.htm
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# by edogawadai_bio | 2006-01-31 16:37 | img
Hungry Microscopist's Optical Sectioning? - Structured Illumination Microscopy
OptiGrid
http://www.thales-optem.com/Products/ProductDisplay.aspx?productid=26

ApoTome
http://www.zeiss.de/C12567BE0045ACF1/Inhalt-Frame/1268311E3AF7907AC1256C30004625B5
http://www.zeiss.co.jp/jp/micro/home.nsf/allBySubject/138B623F2F80D437C1256CB5003A9E56

SurfaceScope
http://www.triptar.com/5-1-surfaceScope.htm

Volocity Grid Confocal
http://www.improvision.com/products/vgc/

励起光の空間輝度分布を櫛状フィルタによって変え,同じサンプルに対してフィルタをずらしつつ複数枚(3枚)撮像し,互いの差を強調することで焦点外の信号を除く?

Wilsonグループ http://acara.eng.ox.ac.uk/som/
Neil97 Opt Lett 22: 1905-1907 # 最初? 花粉からの反射光に対して利用.
Wilson98 J Microsc 191: 116-118 # 実体顕微鏡での利用.dichroic mirrorにより入射光路と反射光路をわけている.
Neil00 J Microsc 197: 1-4 # 最初の蛍光? COS-7細胞のCy3蛍光抗体染色像に利用.
Karadaglic02 Scanning 24: 301-304 # 蛍光内視鏡での利用.
Schafer04 J Microsc 216: 165-174 # パラメタの最適化

格子は幅25umの櫛状で,ピエゾ素子を使って"歯磨きモード"で動かしている.虚像上での格子幅は1.5umなどになる.光源は15WハロゲンランプやAr/Krレーザーが用いられる.

ZeissのApoTomeのカタログ(PDF)によれば,
Obj/NA - 格子幅(lines/mm) - 光学厚み(um, @ex480nm)
20/0.75 - 15.5 - 1.5
40/0.75 - 7.5 - 1.6
40/1.3 - 12.0 - 0.8
63/1.4 - 7.5 - 0.7
という関係らしい.
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# by edogawadai_bio | 2006-01-31 12:16 | img
analog RGB frame grabber
UNIGRAF社 UFG-03
http://www.unigraf.fi/
代理店アルゴ社 http://www.argocorp.com/UNIGRAF/UFG01.htm
マニュアル
http://www.unigraf.fi.unixtemp.saunalahti.fi/files/ufg-03_users_manual_for_windows.pdf
1280*1024@60MHz; PCI;
RGB (15pin Sub-D) and DVI-I
chip: applied micro circuits S5930 matchmaker?
application: Windows Media 9 Capture (WM9Cap) or VidCap32

conditions:
1024*768 3000kbps 32bits/pixel
ファイル容量(KiB) = 375.0 * 撮影時間(sec) # 実測: 367.6
ファイル容量(MiB) = 22.0 * 撮影時間(min)
ファイル容量(GiB) = 1.17 * 撮影時間(h)
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# by edogawadai_bio | 2006-01-31 11:35 | img
動画像からの超解像
Farsiu S, Elad M, Milanfar P (2006) IEEE Trans IP 15: 141-159
http://www.cse.ucsc.edu/~milanfar/TIP_Demos_Final_Color.pdf
http://www.cse.ucsc.edu/~milanfar/VideoEURASIP.pdf

具体例 http://www.cse.ucsc.edu/~milanfar/SR/sr-examples.htm
MATLABを要するGUI付きの統合プログラム http://www.soe.ucsc.edu/~milanfar/SR-Software.htm
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# by edogawadai_bio | 2006-01-29 17:28 | img
cygwin
Python-MLでよくみる人がcygwinをわかりやすく紹介している("Life with Cygwin"; http://www.okisoft.co.jp/esc/cygwin.html)のを見つけて,7,8年ぶりにcygwinをインストールしてみた.

debianやRPM系のようなパッケージ管理があること,gccやemacsだけでなくPythonなんかも入っていること,Xがストレスなく動くことなどに感心する.Windowsのレジストリが/procとして見えるのは面白いと思った.emacsとXの日本語の設定もネット上では情報が豊富そうだったが面倒なの で放っておいた.

Windows 上でXOrgサーバを起動し,他マシンからXクライアントをとばすこともできた.そのうちWindows用XサーバとしてASTEC-Xを買おうかと思っていたが,日本語周りだけ設定すればcygwinで十分そうだ.端末エミュレータはxtermやktermもあるようだが,今回はck (http://www.geocities.jp/cygwin_ck/)というのを使ってみた.

$ gcc hello.c -o hello
$ ls
hello.c hello.exe
$ ./hello
hello world
$ ./hello.exe
hello world

という".exe"の扱い方は変わってなかった.ちょっと妙な感じだが,DOSみたいで懐かしくもある.

手元にあるLinux上で開発されているコンピュータ将棋のCソースも,TCP,シリアル通信,pthreadsのコードを含むわりに何も改変せずにコンパイルできた.実行についてはスレッドが動いてることは確認したが,TCPとシリアル通信については未試験.この将棋の思考部分をPythonでつつんで GtkでGUI化したものについて,Pythonスクリプトの起動がPyGtk関連モジュールのimportに失敗すること,Python用C拡張モジュールのリンクが/usr/lib/libpython*.so.*がないためPy_*類の名前解決に失敗すること,がわかった.
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# by edogawadai_bio | 2006-01-29 02:16 | comp
秋葉原
CF用10Mbpsの有線LANカード(Buffalo社LPC-CF-CLT)と,2GBのSDカード(Transcend社)を,それぞれSig3用に買う.ZOAはメディアの相性問題の有無を実機を持込んで確かめてから買えるということで,ありがたくそうさせてもらった.平日昼間の秋葉原を歩いていると学生である悦びを感じる.
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# by edogawadai_bio | 2006-01-25 23:41 | comp
レーザープリンタ
原稿を印刷するためだけに柏へ行く.

家にレーザープリンタを買う決意を強くし,置き場所に困らず使いやすそうなモノクロレーザープリンタを検討する.小さいこと,Linuxからも刷れること,ドライバの使い勝手がよさそうなこと,からブラザーのHL2040が候補となる.17000円くらいか?
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# by edogawadai_bio | 2006-01-24 01:23 | comp
湯島にてCTからの立体再構築や人体について学んだ.
秋葉原で中古のSigmarion IIIを衝動買いした.キーボードが打ちにくいけど画面は見やすい.バッテリーがもつといいな…
さらにつくばエクスプレスで柏に行き細胞の面倒をみた.柏は雪が盛大に積もっており,とくにTXの駅前やキャンパスは人が少ないこともあって遭難しそうな雰囲気だった.
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# by edogawadai_bio | 2006-01-21 23:40 | sanji
Nixon MS and Aguado AS (2002)
Nixon MS and Aguado AS (2002) Feature extraction and image processing
1~2 章を読む.ときどきくだけた表現もあって親しみがもてる.最初にマッ ハバンドなど錯視(Kaiser PF (1999) http://www.yorku.ca/eye/thejoy.htmなど)についての紹介が出てくるのは,「間違い」についてからはじめるフロイトの「精神分析学入門」を思い出させる.画像処理ソフトや文献の紹介が丁寧.2002年でのまとめではあるが…

画像処理ソフト(*はフリーあるいは学生版のあるもの)
紹介サイト
http://www.cs.cmu.edu/afs/cs/project/cil/ftp/html/v-source.html
Khoros
http://www.khorel.com/
http://www.tnt.uni-hannover.de/soft/imgproc/khoros/
AdOculos *
http://www.theimagingsource.com/catalog/soft/dbs/ao.htm
CVIPtools *
http://www.ee.siue.edu/CVIPtools/
LaboImage *
http://cuiwww.unige.ch/`vision/LaboImage/labo.html
TN-Image *
http://las1.ninds.nih.gov/tnimage-manual/tnimage-manual.html

アルゴリズムはMatlabかMathcadで実装例が示されている.
Matlab
http://www.mathworks.com/
Mathcad; Maple上で動き,数式に近い表現が可能?
http://www.mathcad.com/
この本のMathcad用コード
http://www.ecs.soton.ac.uk/~msn/book/

学術雑誌の紹介
IEEE Transactions on Pattern Analyis and Machine Intelligence (IEEE Trans. on PAMI)
IEEE Trans. on Image Processing (IP)
IEEE Trans. on Systems, Man and Cybernetics (SMC)
IEEE Trans. on Medial Imaging
Computer Vision and Image Understanding
Graphical Models and Image Processing
Pattern Recognition
Pattern Recognition Letters (short papers only)
International Journal of Computer Vision
Image and Vision Computing
IEE Proceedings - Vision, Image and Signal Processing
IEE Proceedings - Digital Techniques

書籍紹介

入門
Fairhurst MC (1998) Computer Vision for Robotic Systems
Low A (1991) Introductory Computer Vision and Image Processing
Teuber J (1993) Digital Image Processing
Baxes GA (1994) Digital Image Processing, Principles and Applications # ハードウェアについても

教科書
Marr D (1982) Vision # 視覚について
Jain AK (1989) Fundamentals of Computer Vision # 理論が主
Sonka M et al (1998) Image Processing, Analysis and Computer Vision # 新しい話題.疑似コード付き.理論は薄い
Jain RC et al (1995) Machine Vision # 3Dや動画について,新し目かつコンパクト
Gonzalez RC et al (1987) Digital Image Processing # 理論よりもチュートリアル的
Rosenfeld A et al (1982) Digital Picture Processing # 基本的.古典
Pratt W (1992) Digital Image Processing # これも古典.画像変換が強い
Blake A (1998) Active Contours # 表題よりも動きや変形のモデル化などが中心
Petrou M (1999) Image Processing - The Fundamentals # 変換,回復,強調など

実装例のある本
Lindley CA (1991) Practical Image Processing in C
Pitas I (1993) Digital Image Processing Algorithms
Parker JR (1994) Practical Computer Vision Using C # low-levelに詳しい
Parker JR (1996) Image Processing and Computer Vision # high-levelに詳しい
Umbaugh SE (1998) Computer Vision and Image Processing # GUIやフォーマットなど
Lyon DA (1999) Image Processing in Java # Java本,low-levelに詳しい
Efford N (2000) Digital Image Processing - a practical introduction using JAVA # Java本.数式が少ない
Masters T (1994) Signal and Image Processing with Neural Networks - A C++ Sourcebook # ANNと画像処理


Russ JC (1995) The Image Processing Handbook # 例が豊富.理論なし
Davies ER (1994) Machine Vision: Theory, Algorithms and Practicalities # 産業用途の具体例の疑似コード.基本技術をカバー
Awcock GJ (1995) Applied Image Processing # 応用例が詳しい

Webで読める書籍
この本
http://www.ecs.soton.ac.uk/~man/book/
CVOnline
http://www.dai.ed.ac.uk/CVonline
Ad Oculosというソフトのサポートページ
http://www.theimagingsource.com/prod/link/adoculos.htm
Image Processing Fundamentals
http://www.ph.tn.tudelft.nl/Courses/FIP/noframes/fip.html
World of Mathematics 数学のリファレンス
http://mathworkd.wolfram.com
Numerical Recipes 信号処理に強い.実装例
http://www.nr.com/
The Joy of Visual Perception 具体例や実装
http://www.yorku.ca/research/vision/eye/thejoy.htm
Machine Vision
http://vision.cse.psu.edu/
Active Contours
http://www.robots.ox.ac.uk/~contours

link集
The Computer Vision Homepage
http://www.cs.cmu.edu/afs/cs/project/cil/ftp/html/vision.html
Computer Vision Online
http://www.dai.ed.ac.uk/CVonline
Hypermedia Image Processing Reference 2
http://www.dai.ed.ac.uk/HIPR2
Image Processing Archive
http://peipa.essex.ac.uk/
Pattern Recognition
http://www.ph.tn.tudelft.nl/PRInfo.html
3D Reconstruction
http://biocomp.stanford.edu/3dreconstruction/index.html
Medical Imaging
http://agora.leeds.ac.uk/comir/resources/link.html
Face Recognition
http://www.cs.rug/nl/~peterkr/FACE/face.html
Signal Processing Information Base
http://spib.rice.edu/spib.html
Image formats and reading software
http://www.dcs.ed.ac.uk/%7Emxr/gfx
Computer Graphics
http://mambo.ucsc.edu/psl/cg.html
Neural Networks
http://www.isis.ecs.soton.ac.uk/resources/nninfo/
Human and Animal Vision
http://www.visionscience.com/VisionScience.html
Newsgroups
comp.ai.vision
sci.image.processing
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# by edogawadai_bio | 2006-01-20 04:10 | img
DOSモバ
D論発表の現実逃避で,DOSモバ(NEC MC-MK22) を2年ぶりくらいに復活させる.1997年発売の古いマシンなため,ネットで検索しても軒並みファンサイトは消滅している.ACアダプタなどなくても(そもそも持っていたのかすら覚えていない),副電池CR2032と単3乾電池2本ですぐに動くところがすごい.30時間稼働というのは,最近のPDA類(カラーPalmやLinux ZaurusやPocket PC)より長い.もちろん見にくいモノクロ反射液晶,シリアルケーブルやモデムを介したトラディショナルなネットワーク環境,CompactFlashで 32MBくらいしか使えない小容量記憶媒体,486互換25MHzのCPUパワーとひきかえだが….

DOS環境を整備するのが面倒なので,PocketBSDをさきに試す.BSD環境の母艦がなくても簡単にPocketBSDは導入できた.muleが動くのは素敵だったが,DOSの方が各種アプリを詰め込めるだろうと思いDOSに戻す.PocketLinuxプロジェクトも20世紀末にはあったようだが消息がつかめず試せなかった.

一方最近のPDAとしては,HP iPAQのhx27*0に魅かれる.あるいは裏技でDOSや組込み系Linuxに降りられて,SDカードが扱えるモノクロ電子辞書が登場することに期待.
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# by edogawadai_bio | 2006-01-19 02:47 | comp
書籍購入
生協に注文していた本を受け取る.9冊で12万円だった.

Chan TF and Shen J (2005) Image processing and analysis: variational, PDE, wavelet, and stochastic methods, SIAM
変分法, PDE, wavelet, Mumford-Shah model, Level-setなどここ10年くらいに流行ってきた考え方やモデルにもとづいて,画質改善(ノイズ除去とdeconvolution)や領域抽出といった古くからの画像処理の仕事を示している.教科書と論文の架け橋のような位置付けとして期待できそう.

Nixon MS and Aguado AS (2002) Feature extraction and image processing
ヘビの表紙がかっこいい.画像処理の教科書をベースに,パターン認識のための特徴抽出に特化させたような内容.Canny edge detectorをはじめとした境界検出と,ハフ変換,動的輪郭線モデル(SNAKE),といった領域抽出関係に詳しい.表題通り,分類・認識自体についてはほとんど触れられていない.

Myler HR and Weeks AR (1993) The pocket handbook of image processing algorithms in C, Prentice-Hall
C 言語で画像処理についての実例を載せた事典.ノイズ除去フィルタが詳し目.15cm * 8cm * 1.5cm と極めてコンパクト.O'Reilleyが出している小さなデスクトップリファレンスよりもさらに小さい.惜しむらくはソースにときどきおかしなところがあることと,画像の階調数が少なくディザで表現しているので,ノイズ除去の例が示されていても,その効果がよくわからなかったりすること.しかしあまり小さくて愛着がわいたので,しばらく持ち歩くことにする.

Bow ST (2002) Pattern recognition and image processing: second edition, revised and expanded, Marcel Dekker
前半はパターン認識,後半は画像処理について.普通の統計的パターン認識の解説のあと,ニューラルネットワーク関係がMLP,RBFネットワーク,SOM,ホップフィールドネットワーク, とそれぞれ章立てされていて詳しい.

Theodoridis S and Koutroumbas K (2003) Pattern recognition second edition, Elsevier
前半は教師付きの分類器の教科書.SVMやICAのようなあたらしめの話も書いてあって,とくにSVMは詳しいが,私にはついていけない気がする.中盤は wavelet,テンプレートマッチング,Markovモデルによるテクスチャ解析,のような画像関連技術が中心.後半はクラスタリングについての教科書.厚いだけあって内容が豊富そう.

Nasser M et al. Ed (2005) Applications of Neutral Networks and Machine Learning in Image Processing IX, SPIE Vol. 5673
十数報の画像認識関係の論文集.とくにSOMとSVMの利用.

Man KF (1999) Genetic algorithms: concepts and designs, Springer-Verlag
遺伝的アルゴリズムについてのおそらく一般的な教科書のひとつ.

Zaknich A (2005) Principles of adaptive filters and self-learning systems, Springer-Verlag
信号処理,とくに各種adaptive filterについて.self-learning systemなのはニューラルネットワークと遺伝的アルゴリズムが出てくるからだろうか.

Russ JC (2002) The image processing handbook, CRC Press
画像処理全般の代表的教科書.大きくて重い.画像がきれい.以前買ったGonzalez RC and Woods RE (2002) Digital image processing second editionとかぶっている….
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# by edogawadai_bio | 2006-01-17 22:17 | img
買い物
酒井幸市 (1997) ディジタル画像処理入門, コロナ社, ISBN4-339-00684-X
コンパクトで読みやすい.さっそく最近画像処理に手を染めはじめたO君に渡す.

他にボールペンなどを買う.100円以下で買える油性インクはゼブラのがいいと思う.少し値がはるものとしてはパイロットの油性Aインクと三菱鉛筆の加圧金属芯.ただ加圧金属芯は安くてよい純正軸がない.
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# by edogawadai_bio | 2006-01-17 02:41 | img
FCSとICS
FCS (fluorescence correlation spectroscopy)とICS (image correlation spectroscopy) の論文リスト.

Brown CM, Petersen NO (1998) er
An image correlation analysis of the distriburion of clathrin associated adaptor protein (AP-2) at the plasma membrane
J Cell Sci 111: 271-281
CLSMにより光学切片を得て,spatioICSにより凝集度(Degree of Aggregation)を定量.1次抗体濃度をふってDAが飽和することを確認.adaptor protein(AP)-2の抗体蛍光染色.

Digman MA, Brown CM, Sengupta P, Wiseman PW, Horwitz AR, Gratton E (2005) e
Measuring fast dynamics in solutions and cells with a laser scanning microscope
Biophys J 89: 1317-1327
RICS(raster ICS)の提唱.走査を利用した運動速度の定量.SFCSと似る?

Eigen M, Rigler R (1994) e
Sotring single molecules: application to diagnostics and evolutionary biotechnology
Proc Natl Acad Sci USA 91: 5740-5747
FCSの総説

Hebert B, Constantino S, Wiseman PW (2005) er
Spatiotemporal image correlation spectoscopy (STICS) theory, verification, and application to protein velocity mapping in living CHO cells
Biophys J 88: 3601-3614
二光子励起蛍光顕微鏡により光学切片を経時的(0.5~1fps)に得て,時間相関により二次元拡散と二次元流れを定量.拡散群と流れ群を同一画像セットから分離し定量できる.また,空間相関におけるピーク位置の時間発展にともなう変位により,流れによる移動をベクトルとして定量.ECFP-alpha- actininとEGFP-alpha5-integrinを発現するCHO細胞で,細胞表層における移動ベクトルを個別に得る.動かない蛍光成分の影響を除去するために低い時間周波数の成分を遮断.

Kolin DL, Constantino S, Wiseman PW (2006) e
Sampling effects, noise, and photobleaching in temporal image correlation spectroscopy
Biophys J 90: 628-639
TICSで求められるパラメタの誤差検証.退色やノイズの影響の検証.

Rocheleau JV, Wiseman PW, Petersen NO (2003) e
Isolation of bright aggregate fluctuations in a multipopulation image correlation spectroscopy system using intensity subtraction
Biophys J 84: 4011-4022
CLSMにより光学切片を得て,temporal-ICS/ICCS.Intensity Subtraction Analysis (ISA)の提唱.前処理で輝度の足切りをすると,空間相関が変化する.

Ruan Q, Cheng MA, Levi M, Gratton E, Mantulin WW (2004) e
Spatial-temporal studies of membrane dynamics: scanning fluorescence correlation spectroscopy (SFCS)
Biophys J 87: 1260-1267

Srivastava M, Petersen NO (1998) e
Diffusion of trasferrin receptor clusters
Biophys Chem 75: 201-211
CLSMにより光学切片を得て,spatio-およびtemporal-のICCS.transferrinレセプタの抗体蛍光染色.

St-Pierre PR, Petersen NO (1992) er
Average density and size of microclusters of epidermal growth factor receptors on A431 cells
Biochem 31: 2459-2463
走査により蛍光輝度の1次元分布を得て,空間相関を得る.EGFレセプタの抗体染色.SFCS.

Wiseman PW, Hoddelius P, Petersen NO, Magnusson KE (1997) er
Aggregation of PDGA-beta receptors in human skin fibroblasts: characterization by image correlation spectroscopy (ICS)
FEBS Lett 401: 43-48
CLSMにより光学切片を得て,spatioICSにより凝集度(CD; cluster density)を定量.PDGFレセプタB2の抗体蛍光染色.

Wiseman PW, Petersen NO (1999) er
Image correlation spectroscopy. II. Optimization for ultrasensitive detection of preexisting platelet-derived growth factor-beta receptor oligomers on intact cells
Biophys J 76: 963-977
CLSMにより光学切片を得て,spatioICSにより,凝集物密度(N),凝集度(Degree of Aggregation)を定量.無励起状態,1次抗体のみ,2次抗体のみの3つのコントロールを得て補正.PDGFレセプタB2の抗体蛍光染色.

Wiseman PW, Squier JA, Ellisman MH, Wilson KR (2000) er
Two-photon image correlation spectroscopy and image cross-correlation spectroscopy
J Microsc 200: 14-25
二光子励起蛍光顕微鏡により連続光学切片を経時的(~15fps)に得て,水中の蛍光ビーズの流れ,濃砂糖水中の蛍光ビーズの三次元拡散,およびCHO細胞表層のGFP-integrin adhesion receptorの二次元拡散を主に時間画像自己相関(temporalICS)により定量.

Wiseman PW, Brown CM, Webb DJ, Hebert B, Johnson NL, Squier JA, Ellisman MH, Horwitz AF (2004) e
Spatial mapping of integrin interactions and dynamics during cell migration by image correlation microscopy
J Cell Sci 117: 5521-5534
二光子励起蛍光顕微鏡,spatio-/temporal-ICS/ICCS

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Aragon SR, Pecora R (1976) w
Fluorescence correlation spectroscopy as a probe for molecular dynamics
J Chem Phys 64: 1791-1803
FCS

Berland KM, So PTC, Chen Y, Mantulin W, Gratton E (1996) w
Scanning two-photon fluctuation spectroscopy: particle counting measurements for detection of molecular aggregation
Biophys J 71: 410-420
FCS?

Brown CM, Roth MG, Henis YI, Petersen NO (1999) w
An internalization-component influenza Hemaggulutinin mutant causes the redistribution of AP-2 to existing coated pits and is colocalizaed with AP-2 in clathrin free clusters
Biochem 38: 15166-15173

Dittrich PS, Schwille P (2002) w
Spatial two-photon fluorescence cross-correlation spectroscopy for controlling molecular transport in microfluodic structures
Anal Chem 74: 4472-4479
FCCS

Elson EL, Magde D (1974) w
Fluorescence correlation spectroscopy. 1. Conceptual basis and theory
Biopolymers 13: 1-27
FCS

Elson EL, Webb WW (1975) w
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Ghosh RN, Webb WW (1994)
Automated detection and tracking of individual and clustered cell surface low density lipoprotein receptor molecules
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Simultaneous two-photon excitation of distinct labels for dual-color fluorescence cross-correlation analysis
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Huang Z, Thompson NL (1996) w
Imaging fluorescence correlation spectroscopy: nonuniform IgE distributions on planar membranes
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Icenogle RD, Elson EL (1983) w
Fluorescence correlation spectroscopy and photobleaching recovert of multiple binding reactions. I. Theory and FCS measurements.
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Koppel DE (1974) w
Statistical accuracy in fluorescence spectroscopy
Phs Rev A 10: 1938-1945
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Koppel DE, Morgans F, Cowan AE, Carson JH (1994) w
Scanning concentration correlation spectroscopy using the confocal laser microscope
Biophys J 66: 502-507

Magde D, Elson E, Webb WW (1972) w
Thermodynamic fluctuations in a reacting system: measurement by fluorescence correlation spectroscopy
Phys Rev Lett 29: 705708
FCS

Magde D, Elson EL, Webb WW (1974) w
Fluorescence correlation spectroscopy. H. An experimental realization
Biopolymers 13: 29-61
FCS

Magde D, Webb WW, Elson EL (1978) w
Fluorescence correlation spectroscopy. 111. Uniform translation and laminar flow
Biopolymers 17: 361-376
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Meyer T, Schindler H (1988) w
Particle counting by fluorescence correlation spectroscopy: simultaneous measurements of aggregation and diffusion of molecules in solution and in membranes
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FCS

Morrison IEG, Anderson CM, Georgiou GN, Stevenson GVW, Cherry RJ (1994) w
Analysis of receptor clustering on cell surface by imaging fluorescent particles
Biophys J 67: 1280-1290

Palmer AG III, Thompson NL (1989) w
Fluorescence correlation spectroscopy for detecting submicroscopic clusters of fluorescent molecules in membranes
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Petersen NO, Hoddelius PL, Wiseman PW, Seger O, Magnusson KE (1993) ww
Quantitation of membrane receptor distributions by image correlation spectroscopy: concept and application
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ICS, non-linear fitting to Gaussian function

Ponti A, Machacek M, Gupton SL, Waterman-Storer CM, Danuser G (2004) ww
Two distinct actin networks drive the protrusion of migrating cells
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FSM(fluorescence speckle microscopy), actin

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On the statistics of fluorescece correlation spectroscopy
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Distributions of molecular aggregation by analysis of fluctuation moments
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Rigler R, Mets U, Widengren J, Kask P (1993) w
Fluorescence correlation spectroscopy with high count rate and low background: analysis; of translational diffusion
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Schwille P, Meyer-Almes EJ, Rigler R (1997) w
Dual-color fluorescence for multicomponent diffusional analysis in solution
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Seifert RA, Hart CE, Phillips PE, Forstrom JR, Ross R, Murray MJ, Bowen-Pope DF (1989) w
Two different subunits associates to create isoform-specific platelet-derived growth factor receptors
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Sheetz MP, Turney S, Qian H, Elson EL (1989) w
Nanometre-level analysis demonstrates that lipid flow does not drive membrane glycoprotein movements
Nature 340: 284-288
SPT(single particle tracking)

Srivastava M, Petersen NO (1996) ww
Image cross-correlation spectroscopy: a new experimental biophysical approach to measurement of slow diffusion of fluorescent molecules
Meth Cell Sci 18: 47-54
ICCS, non-linear fitting to Gaussian function

St-Pierre PR, Petersen NO (1990) w
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Biophys J 58: 503-511

Thompson NL, Axelrod D (1983) w
Immunoglobulin surface-binding kinetics studied by total internal reflection with fluorescence correlation spectroscopy
Biophys J 43: 103-114

Wang MD, Axelrod D (1994) w
Microclustering patterns of acetylcoline receptors on myotubes studies by spatial fluorescence autocorrelation
Bioimaging 2: 22-35


FCS: fluorescence correlation spectroscopy; 蛍光相関スペクトル法
SFCS: scanning FCS; 走査蛍光相関スペクトル法
ICS: image correlation spectrosocpy; 画像相関スペクトル法
ICCS: image cross-correlation spectroscopy; 画像相互相関スペクトル法
TICS: temporal ICS; 時間画像相関スペクトル法
RICS: raster ICS; ラスター画像相関スペクトル法
STICS: spatio-temporal ICS; 時空間画像スペクトル法
ICM: image correlation microscopy; 画像相関顕微鏡法

SPT: single particle tracking
FSM: fluorescence speckle microscopy
qFSM: quiantitative FSM

ICCSは文献によってtemporal-ICSのことだったり多色画像でのICSだったりと使い分けがある.

FCSはよく蛍光相関分光法と訳されているが,「分光」しているわけではないのでスペクトル法とか(mass spectroscopyにならえば)分析法の方がよいように思う.ICSは定まった訳語がないようだ.
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# by edogawadai_bio | 2006-01-14 01:23 | img