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7階スピニングディスク CLSM についてメモ
7階スピニングディスク CLSM についてメモ

20倍
FWHM of Z: 5.5
FWHM of XY: 1.29
FWHM aspect(Z/XY): 4.26
pixel size: 0.322

40倍
FWHM of Z: 3.5
FWHM of XY: 0.81
FWHM aspect(Z/XY): 4.32
pixel size: 0.161

60倍 (air)
FWHM of Z: 3.0
FWHM of XY: 0.54
FWHM aspect(Z/XY): 5.56
pixel size: 0.107

60倍 (oil)
FWHM of Z: 0.7
FWHM of XY: 0.43
FWHM aspect(Z/XY): 1.63
pixel size: 0.107

100倍 (oil)
FWHM of Z: 1.1
FWHM of XY: 0.32
FWHM aspect(Z/XY): 3.44
pixel size: 0.064
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by edogawadai_bio | 2007-08-23 07:08 | img
median
大き目の配列から中間値(median)を得る必要があり,単に sort してから中心の値を得る方法と,Modifind アルゴリズム (Hoare C.A.R (1971) CACM 14: 39- の FIND アルゴリズムを改良したもの) 及び Floyd R.W. and Rivest R.L. (1975) CACM 18: 173- の方法を,それぞれ Java で試してみた.

Modifind 法や F&R 法の解説や Rexx での実装例が
http://www.geocities.com/zabrodskyvlada/3alg.html
にあり,参考になった.Google のソースコード検索も役立った.

sort 法では, JRE の java.util.Arrays.sort() を用いた(条件が悪い場合を考慮した quicksort )ため,平均計算量は O(N * log(N)) である. Modifind 法 と F&R 法 は O(N) らしい. N は要素数.

手元の環境(JDK 1.5, Athlon64 3500+)では,およそ 10 k 要素の場合, sort 法は数秒, O(N) の方法ではその 1/10 くらいを要した.また, 100 M 要素くらいまで Modifind 法 が F&R 法より若干速かった.もっと大きくなると逆転するかもしれない. Modifind 法は F&R 法の半分以下の行数(30 行程)で書けることもあり,ひとまず Modifind 法を用いることにした.

一様乱数からなる double 配列からの median 算出時間
b0095474_113734.gif

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by edogawadai_bio | 2007-08-11 01:02 | comp
emacs + skk での変換待ち
Debian etchにて emacs21 で skk を使って漢字変換する際に,数秒待たされることがあった. Debian sarge でも同様で, 1年くらい悩まされてきたように思う.具体的にはローカル辞書にない語を変換したり,ローカル辞書の候補を全部表示した後に変換すると, skk サーバとの通信で emacs プロセスが数秒ほど CPU 利用率 100 % の状態になってしまう. ~/.emacs での設定をいじったり,利用パッケージを変えても解決せず, web を検索したり,身近な skk ユーザに尋ねてもわからなかったので放置しておいたが,今日になって偶然,skk の mailing list アーカイブにて
skk-search-server-1 is slow
で始まるスレッドに対応する情報と解決策を見つけた.

手元の環境で (setq skk-server-report-response t) とすると,「189876 回 SKK サーバーの応答待ちをしました」となった.

(sit-for 0.01) を書き足す.

% sudo vi /usr/share/emacs/site-lisp/ddskk/skk-server.el

--- skk-server.el-orig 2006-02-18 09:05:25.000000000 +0900
+++ skk-server.el 2007-08-10 05:34:26.000000000 +0900
@@ -101,6 +101,7 @@
(process-send-string skkserv-process (concat "1" key " "))
(while (and cont (skk-server-live-p))
(accept-process-output)
+ (sit-for 0.01)
(setq count (1+ count))
(when (> (buffer-size) 0)
(if (eq (char-after 1) ?1) ;?1

バイトコンパイルをしなおす.

% sudo /usr/lib/emacsen-common/packages/install/ddskk emacs21
install/ddskk: Handling install for emacsen flavor emacs21
% sudo /usr/lib/emacsen-common/packages/install/ddskk xemacs21
install/ddskk: Handling install for emacsen flavor xemacs21

SKK サーバの応答待ちは 1 ~ 数回になり,数秒の待ち時間もなくなった.
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by edogawadai_bio | 2007-08-10 06:24 | comp
歯医者
歯医者で左下奥歯(6番)の抜髄後の処理,根管の充填と土台作りをしてもらった.

針金みたいなのを差し込んだ状態で口内法X線撮影(「デンタル」と呼んでいるようだ)をするのは昔から一緒だが,通っているクリニックでは数年前からフィルムの読み取り以降がデジタル化された(フィルムも銀塩ではなくなったのかもしれない).スキャナでのフィルムの読み取り後,データベースに登録され,診察台ごとに置かれた Windows のクライアント(Digora for Windows)側から眺めることができる.横から先生の操作を眺めていると ,ヒストグラム均一化らしきボタンを押した後,画像を見つつ黄色のカーブ(トーンカーブ.ガンマ曲線.グレイスケール→グレイスケールのLUTを可視化したもの)をいじることが多い.トーンカーブは輝度ヒストグラムと累積曲線に重ねて表示されており,わかりやすいと思った.Photoshop や ImageJ では残念ながらこれらは別の機能単位になっている.

抜髄に使う針金みたいなものが何というのかを調べたところ,リーマ,Hファイル,Kファイルなどのバリエーションがあることがわかった.カラーコード化されているらしい.これが入ったアクリル?の箱はカラフルなことに納得がいく.鎮痛剤無しでは我慢できないくらい歯が痛い状態の時に(大抵そうなってから歯医者にいくわけだが),これを歯髄の奥の方にねじ込まれる時の痛みは相当なものがある.

http://yasudadental.cocolog-nifty.com/dental/2006/09/post_1abe.html
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by edogawadai_bio | 2007-08-01 00:18 | sanji