<   2006年 09月 ( 5 )   > この月の画像一覧
ICA
タンパク質-タンパク質の相互作用を解析するなど,多重染色蛍光像で共局在を調べる際の客観的・定量的基準として各画素の輝度についてバンド間での相関係数を求める例をこのところよく見かける.intensity correlation analysisからICAと略されることがあるが,どうもindependent component analysisとまぎらわしい.

総説.雑誌のカラーとだいぶ違うような気がする….
Penarrubia PG et al. (2005)
Quantitative analysis of the factors that affect the determination of colocalization coefficients in dual-color confocal images.
IEEE Trans Image Process 14: 1151-1158.

単純なピアソンの相関係数が標準的なようだが,よりよい測度を検討する研究もある.
Costes SV et al. (2004)
Automatic and quantitative measurement of protein-protein colocalization in live cells.
Biophys J 86: 3993–4003.
http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=1304300
# 掲載後1年経ったBiophys Jの記事はPubMed Centralで読める.
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by edogawadai_bio | 2006-09-22 23:25 | img
CobaltRaQ
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拾った4台のうちRaQ4r JAは最もハイスペック(といっても2000年の製品だが)なのだが,起動してくれない.電源スイッチをいれてもLEDやファンは反応しないし,そればかりか遂には部屋のブレーカーがおちた….UPSを介して電源をつなぐべきだったかもしれない.とりあえず(1)電源基板上のヒューズは切れてない,(2)ボタン電池が液漏れしていたが電圧は3V程ある(他のCobaltはボタン電池を外しても起動できた),(3)電解コンデンサ等の外観に明らかな異状はない,(4)CPUはK6-2,(5)ファン付近に羽虫達の死骸が…,といったことがわかった.他のCobaltのOSおよび設定の初期化を先にしようと思う.
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by edogawadai_bio | 2006-09-22 22:39 | comp
CobaltRaQ
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廃棄処分となっていたCobaltRaQをひろった.
型番は上から
Sun Cobalt RaQ 4, R15 376 NIJ,
同上,
Sun Cobalt RaQ 4r JA,
Sun Cobalt CacheRaQ4.
なおRaQ 4rはピクリともしない.CacheRaQ4は片方のファンが回らない.
パスワードがわからないので,初期化の準備をする.
http://www.sun.com/download/index.jsp?cat=Operating%20Systems&tab=3&subcat=Sun%20Cobalt
から対応する機種のSun Cobalt Networks OS Restore Disc (iso image)をダウンロードし,PC/ATでCD-ROMドライブから起動した上で,CobaltをNetBootすればいいらしい.
http://cobaltqube.org/faq/restorecd-j.html
http://cobaltqube.org/faq/netboot-j.html
が参考になった.
マニュアル(PDF):
http://jp.sun.com/products/servers/serverappliances/technical/manual.html
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by edogawadai_bio | 2006-09-20 14:53 | comp
計算機将棋; 調布
計算機将棋の会合みたいなものに初めて参加する.開催場所は回り持ちらしく,今回は調布の電通大.以前「未踏」でお世話になった先生の研究室と同じ建物だった.

発表は1時間 * 2つ(うち1つは我らがO君によるもの)で,インライン展開やメモリ配置の工夫等による高速化や,駒の位置関係の統計解析などが主な話題だった.同じx86でも多少のアーキテクチャの違いがベンチマーク結果を逆転させうるということ,今のPCのメモリアクセスは帯域的にも構造的にも高コストであるということ,が実例をもって示された.一方,探索方法や評価関数の構成(?)法については,パラダイムチェンジが起こりつつあるらしく,端々で話題に上ったものの自分自身はよくわかっていない….

関数テーブルについてBASICのON GOTO命令やUNIXのデバイスドライバが例として出てきたりと,どこか懐かしい感じのする集まりだった.
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by edogawadai_bio | 2006-09-09 22:42 | comp
台風の衛星画像データベース
ハリケーンから台風になったという台風200612号の衛星画像を探していたら,
デジタル台風
http://agora.ex.nii.ac.jp/digital-typhoon/
という台風を対象にした画像データベースを見つけた.
雲画像をもとにして,自己組織化マップの作成や類似度検索などができる.
似通った複数の対象(台風)の時間発展を見比べるというモードは重要だと思った.
類似度や特徴量の定義とか,位置や回転に対する不変性の有無などにも興味がわく.衛星画像や気象に特有の問題やノウハウがきっと色々あるのだろう….
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by edogawadai_bio | 2006-09-02 20:02 | img