<   2006年 02月 ( 14 )   > この月の画像一覧
顕微鏡(7F CLSM)のスケール情報
倍率 F値 距離/画素(μm/pixel)
100 1/1 0.15385 (10.0/65)
100 1/1.5 0.10417 (10.0/96)
100 1/2 0.077529 (10.0/129)
100 1/3 0.052083 (10.0/192)
100 1/4 0.038911 (10.0/257)
100 1/6 0.026042 (10.0/384)
100 1/8 0.019493 (10.0/513)
60 1/1 0.25641 (10.0/39)
60 1/1.5 0.17241 (10.0/58)
60 1/2 0.12987 (10.0/77)
60 1/3 0.086207 (10.0/116)
60 1/4 0.064935 (10.0/154)
60 1/6 0.043290 (10.0/231)
60 1/8 0.032468 (10.0/308)

しかし血球計数板(1辺 250um)を実測すると数%違う.縦横でも異なるような….一つの実験では対照区も含めて撮影条件を統一して揃えるよう心がけ,異なる光学条件(顕微鏡やレンズ)での画像同士の定量的比較は慎重に行なうべきだろう.
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by edogawadai_bio | 2006-02-28 01:00 | img
湯島
海の流れについて学ぶ.単位系が日常生活とは違うので戸惑ったりもするが,深層流のあたりは学部のときに海洋生物学の授業で聞いてたこともあってかイメージしやすかった.
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by edogawadai_bio | 2006-02-26 23:18 | sanji
Cobalt
懐しい響きだ.むかしLinux雑誌等でよく目にしたような….1階で遊んでいる4つのCobaltを適当に運用することになる.DHCPサーバと内部用webサーバらしい.
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by edogawadai_bio | 2006-02-25 22:37 | comp
駒場
ひさしぶりに駒場.1時間くらいD論の内容を話させてもらう.
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by edogawadai_bio | 2006-02-24 23:02 | sanji
役立つかもしれないソフトウェア
geomview; Xで動く3-Dレンダラ
http://www.geomview.org/
TISEAN; 非線形時変信号解析ツール?
http://www.mpipks-dresden.mpg.de/%7Etisean/TISEAN_2.1/index.html
fastICA; 独立成分分析(ICA).MATLABだけでなく C++, R, Pythonから利用できるらしい.
http://www.cis.hut.fi/projects/ica/fastica/
EEGLAB; ICA.MATLAB向け
http://sccn.ucsd.edu/eeglab/
ICALAB; ICA.MATLAB向け
http://www.bsp.brain.riken.go.jp/ICALAB/
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by edogawadai_bio | 2006-02-24 00:28 | img
研究室セミナー
D論以外についての研究発表を久々に行なう.XT撮影によるkymograph作成,膜や繊維の動きの周波数解析,画像相関法について.板書の代わりにペンタブレットを使ったところ,書きづらくてすぐにあきらめる羽目になった.試験的にグレイスケール画像を擬似色表示してみたが,とくに不満はでなかった.
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by edogawadai_bio | 2006-02-23 22:04 | img
研究室セミナー準備
1. Linuxのディレクトリツリー内を散らばっている写真やデータをかき集める.
2. ImageJやgnuplotで解説用の中間段階画像やグラフを画面表示し,スクリーンごとキャプチャして画像ファイルにする.
3. ここでLinuxからWindowsXPへ起動しなおす.
4. Linux上で作り画像ファイル化したデータ類をexplore2fsなどでWindows側に持ってくる.
5. PowerPointファイルを作りだす.Linux側から持ってきた画像を切り貼りするのが基本.
7. データによってはExcelでグラフ化し,スクリーンキャプチャしてPhotoshopで切り出し,PowerPointに貼り付ける.
8. 発表タイトルを決める.
9. WordでA4,1枚のレジュメを作る.
10. 2,3時間寝てから学校へ.

当面の課題
PowerPoint以外のプレゼン方法,できればLinuxで済むものに移行したい.mgpを以前使ってたが,画像ファイルの貼りこみが多いプレゼンには向かなかった.OpenOfficeに入ってるやつはまだ試していない.gnome,KDEにもプレゼン用ソフトはありそう.
Excelでグラフを作ると見栄えを整えるのが面倒.gnuplotをより使いこなすか,さらに別のグラフ作成ソフトを導入すべき.Rが良さそうだがほとんど試してない.
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by edogawadai_bio | 2006-02-22 23:02 | comp
ScanSnap S500
ScanSnap S500を試す.Normal(最速)モードの速さに驚く.このモードだとグレイスケール画像は2値化するようだ.写真が入ってる場合はモノクロ写真であってもカラーとしてスキャンさせるとよいかもしれない.

それと論文のコピーの多くは2頁/1枚のA3で,スキャン前にはコピー原稿を2つに切る必要がある.裁断機が欲しくなる.
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by edogawadai_bio | 2006-02-21 17:19 | comp
駅伝
旧中仙道で駅伝を応援する.
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by edogawadai_bio | 2006-02-19 17:17 | sanji
視聴覚関係
今週まわった3つの講堂とも,音声端子はITTcannonのXLRシリーズの3ピン.1番ピンがGNDで,残る2つのピンが正相(HOT)と逆相 (COLD)で平衡回路を構成する.HOTとCOLDのアサインは混乱してたが,1992年の規格は2番HOT.秋葉にフォーンプラグやRCA プラグへの変換ケーブルの類はあった.しかし悪影響なくミキサーからスピーカーへの回路に録音機材を挟み込むためにはアンプが要るような気がする.

ビデオカメラ(SONY HDR-HC1.CCDでなくCMOSだった)からの動画像のリアルタイムエンコードについて.「特殊D端子」からD1(640*480,インターレース)やD3 (1920*1080,インターレース)のアナログ・コンポーネント信号が得られる.ここからminiDin4ピンセパレート信号(S端子)もしくは RCA 1ピン*1本のコンポジット信号を介してアップコンバータ(UC-XP1)まで伝送する.D端子の時点でケーブル長を稼ぐのが妥当か? いずれの規格も5mのケーブルは販売されているが,それ以上は不明.

撮影の事後であれば,Adobe Premiere Pro 1.5 + HDV対応プラグイン(Premiere Pro 1.5.1アップデータ)でIEEE1394を介して動画像が取り込める.
http://support.d-imaging.sony.co.jp/www/handycam/products/hdr-hc1/hdvsoft_adobe.html
また,単に取り込むだけなら,SONYのDVGatePlus 2.1という安価なソフトウェアでも可能.
http://www.vaio.sony.co.jp/Products/Software_05q3/DVgate/index.html
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by edogawadai_bio | 2006-02-18 00:07 | img