数ヶ月ぶりにImageJのバージョンアップをした(1.38d→1.38t).
ZIPファイルの入手~展開 http://rsb.info.nih.gov/ij/download/src/ に最新版のソースファイルがZIP形式でおいてある. http://rsb.info.nih.gov/ij/download.htmlからは安定版(1.37)がダウンロードできるが,上記に比べて古い(現在のところ2006年秋のリリース).
ソースの整形 ImageJ用プラグインを作成する際には,ImageJのAPIを使う必要がある. ImageJのAPIドキュメントはjavadocで生成できるが,その記述は十分ではない.その場合にはソース自体を参照する必要があるが,インデントや改行コードがまちまちであり, 読みづらいので統一する. 余分なファイルが入っていることがあるので,javaソースファイル以外を列挙し,必要に応じて削除する.
ImageJには改行なしの"}"で終わっているソースファイルが60くらいある.文法的に間違いではないようだが,astyleによる整形時に問題になる(astyle 側のバグ? "}"が一つ多く出力されてしまう).そのため,前もってファイル末尾が改行で終わるように書換える.tail_ret.pyはそのためのスクリプト.
コンパイル (あれば)パッチをあてる.
コンパイルし,ij.jarを作る. ただし開発環境であるLinuxでの実行はij.jarではなくbuildを直接使うようにする. IJ_Props.txtのカスタマイズを容易にするため.
環境設定 build/IJ_Props.txt ij/Prefs.javaで読み込む.ij.jarにクラスファイルを格納して実行する様式の場合,ij.jar内に入ってしまうので編集が面倒になる. メインメニュー・ポップアップメニューの全構成を管理する.例えばpopupの最後に popup13=Save などと追加することで画像の右クリックメニューからファイル保存可能になる. ショートカットキーの一部を管理する.メニュー項目を直接起動することによる.例えば lookup04="Fire"... を lookup04="Fire[L]"... に変更すると,Lキー押下で起動する. IJ_Prefs.txt ij/Prefs.javaで読み込む.Windowsの場合,ImageJのインストールディレクトリ(C:\Program Files\ImageJ\等)に存在する.MacOS Xの場合,/home/ユーザ/Library/Preferences/ に存在するらしいが,未確認.Linux場合,/home/ユーザ/ に存在する. ImageJの終了時に更新されるため,編集する際にはImageJを終了させておくとよい. ショートカットキーの一部を管理する.メニューPlugins-Shortcutsから追加・削除できるものと同じ.IJ_Props.txtのショートカットキーと重複する場合は無効となる. 最近開いたファイルの一覧や,ImageJのメニューから設定可能な項目を管理する. プラグインからも,Prefsオブジェクトを用いることで各種パラメタをIJ_Prefs.txtに管理させることができる. 変更点 http://rsb.info.nih.gov/ij/notes.htmlにまとめられている. 開発していて気づいた変更点として,ver. 1.38rでのGaussianBlur.javaの大幅改訂がある.publicメソッドの一部も変更されているため,同ファイルを利用するプラグインについても対応が必要.カーネルサイズが大きい場合,多重解像度を用いて高速に処理するようになった(ソースファイルをざっと読んだ限りでは).それにともない,パラメタが「カーネル幅(画素単位)」から「正規分布の分散」に変更された.従来のパラメタの1/2.5くらいの数値を用いると同等の結果になるらしい.つまり以前 25だったら,新版では10とのこと.
by edogawadai_bio
| 2007-06-08 23:41
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