ImageJプラグイン等メモ
Colour Deconvolution.明視野での多重染色像(減色混合された画像)の各色素成分への分解を行なう.
http://www.dentistry.bham.ac.uk/landinig/software/cdeconv/cdeconv.html
3D Toolkit Plugins.VTKとMetaImageのファイル読み書き.
http://ij-plugins.sourceforge.net/ij-3D-toolkit.html
Visible Human Projectでの前処理プラグインと,ディレクトリの全画像ファイルへのバッチ処理プラグイン.
http://ciar.rcm.upr.edu/projects/imageJ
Spectral Unmixing Plugins.JAMA利用.
http://rsb.info.nih.gov/ij/plugins/spectral-unmixing.html
100以上のLUT.
http://rsb.info.nih.gov/ij/download/luts/luts.zip
Handle Extra File Types.主に顕微鏡や画像処理ソフトウェアの画像フォーマットの入力プラグイン.
http://rsb.info.nih.gov/ij/plugins/file-handler.html
PDF Viewer.PDFを読み込む.JPedal利用.
http://www.pensament.net/java/other_plugins.html#pdf_viewer
bilevel/grayscale morphologyや色処理.
http://www.dentistry.bham.ac.uk/landinig/software/software.html
k-meansによる色画像のmulti-level segment,maximum entropy threshold.
http://ij-plugins.sourceforge.net/plugins/clustering/index.html
Image I/O.LZWのTIFFや16bit PNGの入出力プラグイン.
http://ij-plugins.sourceforge.net/plugins/imageio/
joglを介したOpenGL利用例.
http://www.ulfdittmer.com/imagej/index.html
Gif Stack Writer.RGBと8bpsのアニメーションGIF出力.
http://rsb.info.nih.gov/ij/plugins/gif-stack-writer.html
SplineSnake.SNAKEによるsegment.
http://ip.beckman.uiuc.edu/Software/SplineSnake/
Daniel SageのBiomedical Imaging Groupのプラグイン群.焦点合成, 点の追跡, Matlab binding, SNR測定など.
http://bigwww.epfl.ch/sage/bioimaging.html
輝度補正や二値化など.
http://helios.univ-reims.fr/Labos/INSERM514/ImageJ/
OrtView.インタラクティブなstackデータのorthogonal viewer.
http://www.disi.unige.it/person/BerteroM/MedNuc/OrtView/OrtView.html
LOCI 4D Data Browser Plugin.XYZTデータのviewer.
http://www.loci.wisc.edu/4d/
LOCI Bio-Formats package.主に顕微鏡制御ソフトの画像フォーマットの入出力ライブラリとImageJ用プラグイン.
http://www.loci.wisc.edu/ome/formats.html
Radial Profile Plot.2Dフーリエ変換像等を扱う際に便利.
http://rsb.info.nih.gov/ij/plugins/radial-profile.html
stackデータの手動アラインメント補助や斜め切りをする.
http://www.med.harvard.edu/JPNM/ij/plugins/
NeuronJ.神経軸索の顕微鏡像を手動~自動で抽出する大規模なプラグイン.
http://imagescience.bigr.nl/meijering/software/neuronj/
Yet Another Wand for ImageJ 2D.2次元画像の手動領域抽出のためのマジックワンド.
http://yawi3d.sourceforge.net/
SurfCharJ.いくつかのテクスチャ特徴を計測する.
http://www.gcsca.net/IJ/SurfCharJ.html
基本的な形状特徴(CompactnessやRoundness)を計測する.
http://www.gcsca.net/IJ/Shapes.html
TrakEM2.連続切片画像のアラインメントや輪郭線手動抽出,立体構築などの統合的なプラグイン.
http://www.ini.unizh.ch/~acardona/trakem2.html
ImageJのDebianパッケージ.最新ではないが新しい.
http://www.personalweb.unito.it/paolo.ariano/imagej.html
UNIX環境用のImageJ起動スクリプト.画像ファイルをコマンドラインから開いたりできる.
http://rsb.info.nih.gov/ij/download/linux/unix-script.txt

* ImageJと関係ないライブラリ

Colt.Javaの幅広い数値計算パッケージ.
http://dsd.lbl.gov/~hoschek/colt/
JAMA: A Java Matrix Package.Javaの行列計算パッケージ.
http://math.nist.gov/javanumerics/jama/
Jampack(JAva Matrix PACKage).Javaの行列計算パッケージ.
ftp://math.nist.gov/pub/Jampack/Jampack/AboutJampack.html
ITK.National Library of Medicine Insight Segmentation and Registration Toolkit (ITK).2~高次元データのsegment等のオープンソースライブラリ.Visible Human Projectの一環.
http://www.itk.org/index.htm
jogl.java bindings for OpenGL.
https://jogl.dev.java.net/
ij-VTK.
http://ij-plugins.sourceforge.net/ij-vtk/index.html
JPedal.Java PDF development tools.
http://www.jpedal.org/
VisBio.Javaによる3~高次元画像処理ソフトウェア.
http://www.loci.wisc.edu/visbio/
VolPack.C/C++用のvolume rendering library.
http://www-graphics.stanford.edu/software/volpack/
JDEE:Java Development Environment for Emacs.Java開発用Emacsマクロ.
http://jdee.sunsite.dk/
http://www.02.246.ne.jp/~torutk/jdee/jdee.html

* プラグイン作成メモ

ウインドウの絶対座標を指定する.
WindowManager.getFrame("Window Title").setLocation(x, y)

"Save changes?"ダイアログを出さずにwindowを閉じる.
imp.changes = false;
imp.close();

LUT適用.
at macro: run("Fire");

raw bytesデータからToolkitを介してImagePlus化.
Image img = Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(bytes);
new ImagePlus("title", img).show();
ただしRGBデータのみ.

* 論文

Hiraoka Y, Sedat JW, Agard DA (?) Determination of three-dimensional imaging properties of a light microscope system. Partial confocal behavior in epifluorescence microscopy. Biophys J 57: 325-333.

Ruifrok AC, Johnston DA (2001) Quantification of histological staining by color deconvolution. Anal Quant Cytol Histol 23: 291-299.

Howard, Reed () Unbiased Stereology
Peter Mouton () Principles and Practices of Unbiased Stereology
Stereologyの本.2枚の切片や1枚の厚い切片から定量的な立体解析を行なう.

Camp et al (2002) Nature Medicine 8: 1323-1328.
RESA (rapid exponential subtraction algorithm) によるouf-of-focus像の除去.

Sezgin M, Sankur B (2004) Survey over image thresholding techniques
and quantitative performance evaluation. J Electronic Imaging 13: 146-165.
http://www.busim.ee.boun.edu.tr/~sankur/SankurFolder/Threshold_survey.pdf
数十種類のthresholding法の紹介と比較

Della Mea V, Viel F, Beltrami CA (2005) A pixel-based autofocusing technique for digital histologic and cytologic slides. Computerized
Medical Imaging and Graphics 29(5): 333-341.

各種基本アルゴリズムの論文紹介.Cソースも少し.
http://emre.uta.edu/ImageProcessingComputerVisionSoftware.htm
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by edogawadai_bio | 2006-07-20 20:06 | img
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