Colour Deconvolution.明視野での多重染色像(減色混合された画像)の各色素成分への分解を行なう.
http://www.dentistry.bham.ac.uk/landinig/software/cdeconv/cdeconv.html 3D Toolkit Plugins.VTKとMetaImageのファイル読み書き. http://ij-plugins.sourceforge.net/ij-3D-toolkit.html Visible Human Projectでの前処理プラグインと,ディレクトリの全画像ファイルへのバッチ処理プラグイン. http://ciar.rcm.upr.edu/projects/imageJ Spectral Unmixing Plugins.JAMA利用. http://rsb.info.nih.gov/ij/plugins/spectral-unmixing.html 100以上のLUT. http://rsb.info.nih.gov/ij/download/luts/luts.zip Handle Extra File Types.主に顕微鏡や画像処理ソフトウェアの画像フォーマットの入力プラグイン. http://rsb.info.nih.gov/ij/plugins/file-handler.html PDF Viewer.PDFを読み込む.JPedal利用. http://www.pensament.net/java/other_plugins.html#pdf_viewer bilevel/grayscale morphologyや色処理. http://www.dentistry.bham.ac.uk/landinig/software/software.html k-meansによる色画像のmulti-level segment,maximum entropy threshold. http://ij-plugins.sourceforge.net/plugins/clustering/index.html Image I/O.LZWのTIFFや16bit PNGの入出力プラグイン. http://ij-plugins.sourceforge.net/plugins/imageio/ joglを介したOpenGL利用例. http://www.ulfdittmer.com/imagej/index.html Gif Stack Writer.RGBと8bpsのアニメーションGIF出力. http://rsb.info.nih.gov/ij/plugins/gif-stack-writer.html SplineSnake.SNAKEによるsegment. http://ip.beckman.uiuc.edu/Software/SplineSnake/ Daniel SageのBiomedical Imaging Groupのプラグイン群.焦点合成, 点の追跡, Matlab binding, SNR測定など. http://bigwww.epfl.ch/sage/bioimaging.html 輝度補正や二値化など. http://helios.univ-reims.fr/Labos/INSERM514/ImageJ/ OrtView.インタラクティブなstackデータのorthogonal viewer. http://www.disi.unige.it/person/BerteroM/MedNuc/OrtView/OrtView.html LOCI 4D Data Browser Plugin.XYZTデータのviewer. http://www.loci.wisc.edu/4d/ LOCI Bio-Formats package.主に顕微鏡制御ソフトの画像フォーマットの入出力ライブラリとImageJ用プラグイン. http://www.loci.wisc.edu/ome/formats.html Radial Profile Plot.2Dフーリエ変換像等を扱う際に便利. http://rsb.info.nih.gov/ij/plugins/radial-profile.html stackデータの手動アラインメント補助や斜め切りをする. http://www.med.harvard.edu/JPNM/ij/plugins/ NeuronJ.神経軸索の顕微鏡像を手動~自動で抽出する大規模なプラグイン. http://imagescience.bigr.nl/meijering/software/neuronj/ Yet Another Wand for ImageJ 2D.2次元画像の手動領域抽出のためのマジックワンド. http://yawi3d.sourceforge.net/ SurfCharJ.いくつかのテクスチャ特徴を計測する. http://www.gcsca.net/IJ/SurfCharJ.html 基本的な形状特徴(CompactnessやRoundness)を計測する. http://www.gcsca.net/IJ/Shapes.html TrakEM2.連続切片画像のアラインメントや輪郭線手動抽出,立体構築などの統合的なプラグイン. http://www.ini.unizh.ch/~acardona/trakem2.html ImageJのDebianパッケージ.最新ではないが新しい. http://www.personalweb.unito.it/paolo.ariano/imagej.html UNIX環境用のImageJ起動スクリプト.画像ファイルをコマンドラインから開いたりできる. http://rsb.info.nih.gov/ij/download/linux/unix-script.txt * ImageJと関係ないライブラリ Colt.Javaの幅広い数値計算パッケージ. http://dsd.lbl.gov/~hoschek/colt/ JAMA: A Java Matrix Package.Javaの行列計算パッケージ. http://math.nist.gov/javanumerics/jama/ Jampack(JAva Matrix PACKage).Javaの行列計算パッケージ. ftp://math.nist.gov/pub/Jampack/Jampack/AboutJampack.html ITK.National Library of Medicine Insight Segmentation and Registration Toolkit (ITK).2~高次元データのsegment等のオープンソースライブラリ.Visible Human Projectの一環. http://www.itk.org/index.htm jogl.java bindings for OpenGL. https://jogl.dev.java.net/ ij-VTK. http://ij-plugins.sourceforge.net/ij-vtk/index.html JPedal.Java PDF development tools. http://www.jpedal.org/ VisBio.Javaによる3~高次元画像処理ソフトウェア. http://www.loci.wisc.edu/visbio/ VolPack.C/C++用のvolume rendering library. http://www-graphics.stanford.edu/software/volpack/ JDEE:Java Development Environment for Emacs.Java開発用Emacsマクロ. http://jdee.sunsite.dk/ http://www.02.246.ne.jp/~torutk/jdee/jdee.html * プラグイン作成メモ ウインドウの絶対座標を指定する. WindowManager.getFrame("Window Title").setLocation(x, y) "Save changes?"ダイアログを出さずにwindowを閉じる. imp.changes = false; imp.close(); LUT適用. at macro: run("Fire"); raw bytesデータからToolkitを介してImagePlus化. Image img = Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(bytes); new ImagePlus("title", img).show(); ただしRGBデータのみ. * 論文 Hiraoka Y, Sedat JW, Agard DA (?) Determination of three-dimensional imaging properties of a light microscope system. Partial confocal behavior in epifluorescence microscopy. Biophys J 57: 325-333. Ruifrok AC, Johnston DA (2001) Quantification of histological staining by color deconvolution. Anal Quant Cytol Histol 23: 291-299. Howard, Reed () Unbiased Stereology Peter Mouton () Principles and Practices of Unbiased Stereology Stereologyの本.2枚の切片や1枚の厚い切片から定量的な立体解析を行なう. Camp et al (2002) Nature Medicine 8: 1323-1328. RESA (rapid exponential subtraction algorithm) によるouf-of-focus像の除去. Sezgin M, Sankur B (2004) Survey over image thresholding techniques and quantitative performance evaluation. J Electronic Imaging 13: 146-165. http://www.busim.ee.boun.edu.tr/~sankur/SankurFolder/Threshold_survey.pdf 数十種類のthresholding法の紹介と比較 Della Mea V, Viel F, Beltrami CA (2005) A pixel-based autofocusing technique for digital histologic and cytologic slides. Computerized Medical Imaging and Graphics 29(5): 333-341. 各種基本アルゴリズムの論文紹介.Cソースも少し. http://emre.uta.edu/ImageProcessingComputerVisionSoftware.htm
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| 2006-07-20 20:06
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